FAUNA
Stosunkowo rozległe i zwarte jeszcze kompleksy leśne na terenie Parku pozwalają na bytowanie dużych i rzadkich dziś gatunków ptaków oraz ssaków leśnych. W okolicy Runka, Wysokiego Bereścia i Przysietnicy niejednokrotnie obserwowano niedźwiedzia, a nawet znajdowano jego gawrę. Stałymi mieszkańcami większych obszarów leśnych są wilk, ryś i żbik. Do mało widocznych ale nierzadkich należą na tym terenie borsuk, kuna, dzik. Jelenie obserwowane w rejonie Radziejowej oraz w Paśmie Jaworzyny od dawna uważane są za szczególnie piękne i okazałe. Obok ssaków występują w lasach Parku duże puszczańskie ptaki- głuszec, cietrzew, jarząbek, a także orzeł przedni. W okolicy Krościenka, Łabowej i w Paśmie Kraczownika gniazduje bocian czarny, gatunek również związany z naturalnym lasem. Stoki Radziejowej, Runka i wielu innych fragmentów Parku są ostają puchacza. Na całym obszarze występuje największy z naszych dzięciołów- dzięcioł czarny. Bogato jest reprezentowana grupa ptaków śpiewających, których wielu przedstawicieli można spotkać w świetlistych lasach liściastych np. w rezerwacie Las Lipowy w Obrożyskach.
Do oryginalnych gatunków należy krzyżodziób odwiedzający w okresie zimowym całymi chmarami górnoreglowe świerczyny. Wszyscy interesujący się owadami znajdują na terenie Parku szereg rzadkich i pięknych gatunków. Występuje tu związana ze starodrzewiami bukowymi nadobnica alpejska i wiele innych, dużych, leśnych chrząszczy. Motyle są reprezentowane przez wiele gatunków. W okolicy Szczawnika napotykać można osobniki niepyllaka mneomozyny a na całym terenie Parku żyją rusałki i wiele gatunków motyli nocnych. Na górskich łąkach występują coraz rzadsze wielkie pasikoniki łatczyny i mniejsze od nich trajkotki przypominające szarańcze.
Na terenie Beskidu Sądeckiego występują prawie wszystkie gatunki krajowych gadów i płazów. Do najrzadszych należy wąż ekskulapa obserwowany w rejonie Żegiestowa, Obidzy, Zarzecza k. Łącka. Salamandra plamista i cztery gatunki traszek są pięknymi i charakterystycznymi mieszkańcami górskich i podgórskich rejonów Parku. Traszka karpacka jest gatunkiem, który występuje prawie wyłącznie w Karpatach i stanowi tzw. endemit karpacki. Kiedyś bogata fauna ryb teraz mocno zubożała w wyniku katastrofalnego zanieczyszczenia wód Popradu, a znacznego Dunajca i Kamiennicy. W niektórych odcinkach rzek i w czystych potokach żyją jeszcze pstrągi, lipień, głowacz białopłetwy i chroniona strzebla potokowa. Tylko zupełnie czyste potoki zamieszkuje rak, kiedyś tu bardzo liczny.
FLORA
Przeszło 70% powierzchni Parku pokrywają lasy. Gatunkami lasotwórczymi są na tym terenie jodła, buk, świerk. Towarzyszą im modrzew europejski, jawor, brzoza gruczołkowata, olcha i jesion. Największe powierzchnie zajmuje buczyna karpacka, w której obok buka duży udział ma jodła. W dolinie zachowały się też we fragmentach drzewostany liściaste z udziałem lipy (grądy) oraz lasy olchowe (łęgi) i zarośla wierzbowe. Do interesujących, ale obecnie zagrożonych na skutek przesuszenia terenu
i skażenia powierzchni należą wysokogórskie bory świerkowe.
Na terenie Beskidu Sądeckiego można zauważyć istnienie wyraźnych pięter roślinnych. Pogórze rozciąga się od niżej położonych terenów do wysokości ok. 550-600 m. npm. Powyżej do ok. 110 m. npm. leży kraina jodły
i buka zwana reglem dolnym. Na najwyższych szczytach wykształciły się drzewostany świerkowe boru wysokogórskiego, tworzącego regiel górny. Negatywne zmiany w piętrze podgórza powoduje osadnictwo i rolnictwo.
W reglu dolnym wpływ ma gospodarka leśna, a na regiel górny niekorzystnie wpływa skażenie powietrza i skutki odwadniania terenu niżej położonych. Mimo tych negatywnych zjawisk na terenie Parku istnieje cały szereg naturalnych biotopów leśnych i łąkowych. Najwięcej ich zachowało się na północnych zboczach Pasma Jaworzyny Krynickiej. Obok lasu występują na terenie Parku stosunkowo liczne łąki górskie. Pewną atrakcją botaniczną są na terenie Parku rośliny kserotermiczne, czyli ciepłolubne , które przywędrowały tutaj z obszarów położonych na południe od Karpat. Ogółem na terenie Parku rośnie około tysiąca gatunków roślin kwiatowych, osiemset gatunków mszaków i porostów oraz blisko osiemset gatunków grzybów. Stanowi to niemal połowę gatunków roślin występujących w Polsce.